La  Escuela de Ingeniería, Arquitectura y Salud cuenta con la siguiente estructura:
Centros de Investigación y Desarrollo:

• Centro de Diseño Avanzado
• Centro de Diseño Electrónico
• Centro de Innovación y Desarrollo Regional
• Centro de Diseño Mecatrónico
• Analítica Guadalajara
• Centro de Arte y Realización Digital
• Centro de Propiedad Intelectual y Transferencia de Tecnología

Departamentos Académicos:

• Departamento de Arquitectura
• Departamento de Arte y Tecnología
• Departamento de Diseño Industrial
• Departamento de Ciencias Básicas
• Departamento de Ciencias Básicas Médicas
• Departamento de Ciencias Clínicas
• Departamento de Ingeniería Industrial
• Departamento de Mecatrónica y Electrónica.

Cátedras de Investigación:

Cómputo Visual Aplicado a la Animación de Caracteres Virtuales y Reconstrucción de Imágenes
Sistemas Embebidos para Automatización Robusta de Productos Electrónicos y Mecatrónicos
Diseño de Cadenas de Suministro en Mercados Emergentes: Retos y Oportunidades para Latinoamérica
Diseño y Desarrollo de Sistemas Orientados a Tecnologías Inalámbricas y Multimedia